91年，三合会会员明(刘德华)服从年夜佬琛(曾志伟)指示，插手差人军队作卧底，七年间他已升至警长。92年，差人学员仁(梁朝伟)被逼入学，作三合会卧底，现时年夜佬是琛。2002年，重案组得知一批毒品交收谍报，锁紧方针人物琛，成果两边谍报也被泄，警方步履掉败，毒品买卖也不成功，双败而回，表露两边均有卧底的现实，激发两边断根内鬼的决计。仁与明命运回异又附近，在无间道路程接管严重考验……
