2006年夏天，5年级的尾崎龙平发现父亲而时遗留下的《大东京地下探险记》的笔记本。于是龙平与他的好冤家俊和义雄结成了新的探险队，带上寒假不速之客的表弟一行4人依照地图的表器开端了探询秘宝的旅程。而奥秘的地下世界有着让人意想不到的奇特现象，旧日本陆军的伍长山下草次郎、和蔼地下居民又吉，日本之宝……关于性情开朗却很怕费事的...
