纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
