ある夜、日本の警察に侵入したスパイが世界中の組織の機密データを持ち出そうとするも失敗。公安警察の安室透とFBIの赤井秀一の追跡によって、スパイの車は道路のはるか下へ転落する。次の日、東都水族館に遊びにきていたコナンたちは、ケガをした美しい女性を見付ける。彼女は左右の瞳の色が異なるオッドアイで、記憶を失っていた。そんな彼女とコナンたちの一部始終を、黒ずくめの組織のベルモットが見つめていた。
