小智为了参加神奇宝贝彩幽大会，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则动身挑战故乡关都地区新设的对战开拓区而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队。相比略带搞笑色彩的火箭队，火岩队和水舰队则显得更加“专业”。小智等人与其对抗，并见证超古代神宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索。在此系列中，无印篇的女同伴小霞不再跟着小智，而橙华市的新手训练家小遥加入队伍。小遥本来只打算旅行，但得知神奇宝贝华丽大赛...
