迷你特工队赶走了杰苏之后，通过恐龙星球的科技得到了全新的超级恐龙力量但是新的敌人又来到了地球上，他就是怪诞博士，他认为自己才是这个星球上唯一的超级英雄，通过赋予万物邪恶的力量来对城市进行破坏。于是迷你特工队又有了新的任务，阻止力量队长，保护城市！新的恐龙伙伴，新的伙伴，新的武器装备，新的机甲！迷你特工队，重新出发！
