梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，一如既往的过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。到现在朋友白河小鸟，天枷美春，水越真子，杉并都没有变化，除了两年前离去的妹妹——朝仓音梦。
